藍藻門Cyanophyta

藍藻綱Cyanophyceae

聚球藻目Synechococcales

原綠球藻科Prochlorococcaceae

隱囊藻屬Anathece

隱囊藻Anathece (Komárek & Anagnostidis) Komárek Kastovsky & Jezberová, 2011

腔球藻科Coelosphaeriaceae

烏龍藻屬Woronichinia

烏龍藻Woronichinia (Unger) Elenkin , 1933

色球藻目Chroococcales

微囊藻科Microcystaceae

隱球藻屬Aphanocapsa,

隱球藻Aphanocapsa Nägeli , 1849

隱杆藻屬Aphanothece,

隱杆藻Aphanothece Nägeli , 1849

微囊藻屬Microcystis,

微囊藻Microcystis Kützing ex Lemmermann , 1907

平裂藻屬Merismopedia,

平裂藻Merismopedia Meyen , 1839

集胞藻屬Synechocystis,

集胞藻Synechocystis Sanvageau ,1892

立方藻屬Eucapsis,

立方藻Eucapsis Clements & Shantz , 1909

腔球藻屬Coelosphaerium,

腔球藻Coelosphaerium Nägeli, 1849

色球藻科Chroococcaceae

色球藻屬Chroococcus,

色球藻Chroococcus Nägeli, 1849

擬色球藻目Chroococcidiopsidales

Aliterellaceae

粘球藻屬Gloeocapsa,

粘球藻Gloeocapsa Kützing , 1843

細鞘絲藻目Leptolyngbyales

細鞘絲藻科Leptolyngbyaceae

浮鞘絲藻屬Planktolyngbya

浮鞘絲藻Planktolyngbya Anagnostidis & Komárek, 1988

顫藻目Oscillatoriales

微鞘藻科Microcoleaceae

浮絲藻屬Planktothrix,

浮絲藻Planktothrix Anagnostidis & Komárek , 1988

微毛藻科Microcoleaceae

鞘絲藻屬Lyngbya,

鞘絲藻Lyngbya C. Agardh ex Gomont , 1892

顫藻科Oscillatoriaceae

席藻屬Phormidium,

席藻Phormidium Kützing ex Gomont , 1892

擬浮絲藻屬Planktothricoides,

擬浮絲藻Planktothricoides Suda et Watanabe , 2002

顫藻屬Oscillatoria,

顫藻Oscillatoria Vancher ex Gomont , 1892

戈芒藻目Gomontiellales

戈芒藻科Gomontiellaceae

柯孟藻屬Komvophoron,

柯孟藻Komvophoron Anagnostidis et Komárek , 1988

假魚腥藻目Pseudanabaenales

假魚腥藻科Pseudanabaenaceae

假魚腥藻屬Pseudanabaena,

假魚腥藻Pseudanabaena Lauterborn , 1915

螺旋藻目Spirulinales

螺旋藻科Spirulinaceae

螺旋藻屬Spiruina,

螺旋藻Spiruina Turpin ex Gomont , 1892

念珠藻目Nostocales

束絲藻科Aphanizomenonaceae

魚腥藻屬Anabaena,

魚腥藻 Anabaena Bory ex Bornet et Flahault , 1886

長孢藻屬Dolichospermum,

長孢藻Dolichospermum Thwaites , 1850

小尖頭藻屬Raphidiopsis,

小尖頭藻Raphidiopsis Fritsch & Rich , 1929

擬柱孢藻屬Cylindrospermopsis,

擬柱孢藻Cylindrospermopsis Seemayya & Raju , 1972

微毛藻科Microchaetaceae

節球藻屬Nodularin,

節球藻Nodularin Nägeli , 1849

節球藻科Nodulariaceae

擬魚腥藻屬Anabaenopsis,

擬魚腥藻Anabaenopsis Miller , 1923

綠藻門 Chlorophyta

綠藻綱 Chlorophyceae

綠球藻目 Chorococcales

月網藻 Selenodictyum, Uherkovich & Schmidt, 1974

微芒藻科

芒錐藻屬

芒錐藻 Errerella, Conrad, 1913

環藻目Sphaeropleales

月牙藻科

纖維藻屬

纖維藻 Ankistrodesmus, Corda, 1838

綠胞藻屬

綠胞藻 Chlorolobion, Korchikoff , 1953

蹄形藻屬

蹄形藻 Kirchneriella, Schmidle, 1893

單針藻屬

單針藻 Monoraphidium, Komarkova-Legnerova, 1969

並聯藻屬

並聯藻 Quadrigula, Printz, 1916

月牙藻屬

月牙藻 Selenastrum, Reinsch, 1866

小樁藻科

小樁藻屬

小樁藻 Characium, Braun, 1849

柵藻科

空星藻屬

空星藻 Coelastrum, Nägeli, 1849

鏈帶藻屬

鏈帶藻 Desmodesmus, （Chodat）, An, Friedl & Hegewald, 1829

雙形藻屬

雙形藻 Dimorphococcus, Braun, 1855

膠星藻屬

膠星藻 Gloeoactinium, Smith, 1926

柵藻屬

柵藻 Scenedesmus, Meyen, 1829

球葡萄藻屬

球葡萄藻 Sphaerobotrys, Butcher, 1932

四鏈藻屬

四鏈藻 Tetradesmus, G. M. Smith, 1913

四星藻屬

四星藻 Tetrastrum, Chodat, 1895

韋氏藻屬

韋氏藻 Westella, De Wildemann, 1897

輻球藻科

膠囊藻屬

膠囊藻 Gloeocystis, Nägeli, 1849

新綠藻科

多芒藻屬

多芒藻 Golenkinia, Chodat, 1894

水網藻科

Lacunastrum, McManus, 2011

Stauridium, Corda, 1839

四角藻屬

四角藻 Tetraedron, Kützing, 1845

弓形藻科

弓形藻屬

弓形藻 Schroederia, Lemmermann, 1898

四棘藻科

四棘藻屬

四棘藻 Treubaria, Bernard , 1908

衣藻目Chlamydomonadales

四集藻科

星球藻屬

星球藻 Asterococcus, Scherfel, 1909

棘球藻屬

棘球藻 Echinosphaerella, Smith, 1920

衣藻科

四鞭藻屬

四鞭藻 Carteria, Diesing, 1866

衣藻屬

衣藻 Chlamydomonas, Ehrenberg , 1833

擬球藻屬

擬球藻 Sphaerellopsis, Korshikov , 1925

殼衣藻科

球粒藻屬

球粒藻 Coccomonas,

異形藻屬

異形藻 Dysmorphococcus, Takeda, 1916

翼膜藻屬

翼膜藻 Pteromonas, Seligo, 1887

球囊藻科

網綠藻屬

網綠藻 Dictyochlorella, Silva, 1959

球囊藻屬

球囊藻 Sphaerocystis, Chodat, 1897

團藻科

空球藻屬

空球藻 Eudorina, Ehrenberg ex Ralfs, 1832

實球藻屬

實球藻 Pandorina, Bory, 1826

球網藻科

膠網藻屬

膠網藻 Pectodictyon, Taft, 1945

椎椹藻科

椎椹藻屬

椎椹藻 Spondylomorum , Ehrenberg, 1848

四胞藻科

四胞藻屬

四胞藻 Tetraspora, Link ex Desvaux, 1818

共球藻綱

小球藻目

小球藻科

粗刺藻屬

粗刺藻 Acanthosphaera, Lemmermann, 1899

集星藻屬

集星藻 Actinastrum, Lagerheim, 1882

小球藻屬Chlorella

小球藻 Chlorella, Beyerinck, 1890

雙月藻屬

雙月藻 Dicloster, Jao, Wei & Hu, 1976

網球藻屬

網球藻 Dictyosphaerium, Nageli, 1849

雙弧藻屬

雙弧藻 Didymogenes, Schmidle, 1905

擬多芒藻屬

擬多芒藻 Golenkiniopsis, Korshikov , 1953

微芒藻屬

微芒藻 Micractinium, Fresenius, 1858

足基藻屬

足基藻 Podohedra, Düringer, 1958

雙刺藻屬

雙刺藻 Diacanthos, Korshikov, 1953

雙細胞藻屬

雙細胞藻 Dicellula, Svirenko, 1926

卵囊藻科

卵囊藻屬

卵囊藻 Oocystis, Nägeli, 1855

被刺藻屬

被刺藻 Franceia, Lemmermann, 1898

透明針形藻屬

透明針形藻Hyaloraphidium, Pascher , 1931

頂棘藻屬

頂棘藻 Lagerheimia, Chodat, 1895

多突藻 Polyedriopsis, Schmidle,1899

腎形藻屬

腎形藻 Nephrocytium, Nägeli, 1849

厚枝藻屬

厚枝藻 Pachycladella, Silva, 1970

四球藻屬

四球藻 Quadricoccus, Fott, 1948

共球藻目

葡萄藻科

葡萄藻屬

葡萄藻 Botryococcus, Kützing, 1849

叉球藻屬

叉球藻 Dichotomococcus, Korschikoff, 1928

柵藻科

十字藻屬

十字藻 Crucigenia , Morren, 1830

環藻目